Již v roce 1988 MNV Hovorany zajišťoval přes ONV Hodonín zařazení stavby ČOV Hovorany do tehdejšího programu Národní fronty. Žádosti bylo vyhověno a o spolupráci na zahájení projektů je požádána Sigma Olomouc a posléze Sigma Engineering Olomouc. Je navržen typ Sigma Prefa SP 90 v ceně asi 16 milionů Kč, celé financování je odkázáno na státní rozpočet. Peníze se nakonec nenašly, možná i to věci prospělo, protože se dle vyjádření odborníků jednalo o velmi poruchový a málo efektivní typ ČOV.
V letech 1992 a 1993 přistoupila naše obec zejména z důvodů ekonomických i kapacitních k myšlence společné čistírny s Obcí Šardice. Studii tohoto záměru vypracovala odborná firma Aquatis Brno. Ze studie mj. vyplynulo, že mezi koncem Hovoran a počátkem Šardic je spádový rozdíl pouze 6 promile, což vylučuje dopravu splašků gravitací. Proto se začíná vážně uvažovat o dopravě tlakové.
Mezitím do této naší vážné problematiky začíná více vstupovat a. s. VaK Hodonín, provozovatel sítí. Pro další zlepšení ekonomiky stavby a zejména budoucích provozních nákladů je po odborných propočtech odbornou firmou Duis Brno, která se později stává generálním projektantem stavby, přiřazena i Obec Svatobořice-Mistřín. Počet obyvatel těchto obcí se přiblížil hranici devíti tisíc, čímž se otevřely nové možnosti financování z podpůrných programů Evropské unie.
A aby se složité finanční toky nekřížily s financováním obcí samostatných, bylo rozhodnuto založit dobrovolný svazek těchto tří obcí nesoucí název ČOV Mistřín, protože v k. ú. Mistřín samostatná stavba bude stát.
Ve středu 30. října 2002 jsme stavbu zahájili a v úterý dne 26. října 2004 jsme ji uvedli do provozu. Generálním zhotovitelem byla firma Hochtief, VSB, Praha, divize České Budějovice. Hlavním inženýrem stavby byl Ing. Ludvík Jančálek ze stejnojmenné břeclavské firmy. Celková cena díla činí asi 147 milionů Kč.
Slavnostního zahájení provozu ČOV se mj. zúčastnili pánové: dr. Libor Ambrozek, ministr životního prostředí vlády ČR, Ing. Zdeněk Kunft, vedoucí delegace EU, dr. Jiří Horáček, ředitel odboru Ministerstva pro místní rozvoj a dr. Ivo Ryšlavý, ředitel centra pro regionální rozvoj.
Dobrovolný spolek obcí ČOV Mistřín byl založen Zakladatelskou smlouvou o vytvoření dobrovolného svazku obcí, která byla schválena valnou hromadou dne 14. 9. 2000 na základě předchozího schválení tohoto záměru zastupitelstvy jednotlivých členských obcí.